清洁生产的流程分为七个阶段：筹划和组织、预审核、审核、方案的产生和筛选、可行性分析、方案实施和持续清洁生产。
清洁生产的流程可行性分析阶段主要是对所有的备选方案技术、环境、经济进行可行性分析评估，从而确定正式的实施方案。在经过这一系列的可行性分析后，我们从而确定技术、环境和经济上的方案。
清洁生产的流程预评估阶段主要对企业闲置生产材料停止搜集，如生产工艺、原资料、用水、能源、产品材料、环保状况、车间生产本钱、人员培训等材料停止搜集整理。然后停止现场调查，绘制生产工艺流程图，肯定企业在生产过程中各种物料、资源能耗，并将污染物产生量停止理解和记载。之后经过理解相关先进企业的材料状况停止比照搜集肯定审核重点，从而设置清洁生产目的。