方舱集装箱活动房需要注意保暖防寒问题。可以利用无毒陶瓷、保温层、双层屋顶等解决一部分问题，同时还要重建通风采暖系统。不以集装箱本身材质为诉求的建筑，可以重建表皮。
方舱集装箱活动房在定制时要考虑内外压力差。收集站内部保持高于外部的正压， 这可以防止飞溅物进入内部，而无需每次都对内部进行消毒。
方舱集装箱活动房需要注意做好防护措施：集装箱材料受本身金属结构物理特性的影响，热传导能力强，保温隔热性能差，使得室内热环境不稳定，需要另外设置保温隔热层才能有效控制室内热环境，并在南方地区需要对集装箱箱体进行遮阳处理以隔热，可以省去一笔能耗费用。