柴油水泵机组在满足小型柴油发电机组排气管背压限制的前提下，建议整个小型柴油发电机组排气系统管路的公称直径应尽可能与发动机排气口一致。禁止使用直径小于排气口的管道，因为较厚的管道更容易受到冷凝腐蚀，扩大废气排放，导致功率损失。排气系统管径变化越小，摩擦损失越小。所有和排气管均应隔热，以避免意外接触火灾或自动灭火设备误启动，从而减少机组室内的冷凝腐蚀和热辐射。
柴油水泵机组小型柴油发电机组波纹管不得用作弯头，并用于补偿管道安装误差。为了减少冷凝腐蚀，排气管应安装在尽可能靠近发动机的位置，以便快速加热。消声器和排气管应由吊架支撑，严禁使用发动机排气管。否则会损坏发动机排气管，降低涡轮增压器的使用寿命。小型柴油发电机组排气管建议使用黑色铁管。小型柴油发电机组尽可能选择半径较大的弯头。
柴油水泵机组由于小型柴油发电机组启动速度降低，压缩空气泄漏增加，小型柴油发电机组气缸壁散热增加，导致压缩结束时空气温度和压力大幅降低，很难与空气迅速形成良好的可燃气体并及时点火，甚至无法点火，导致启动困难。点火延迟时间延长，严重时甚至无法燃烧。柴油在低温下粘度增加，降低了喷射速度。此外，压缩结束时的涡流速度、温度和空气压力相对较低，这使得喷入气缸的柴油雾化质量较差。