三轴桩机在作业时，应由本机特定操作人员进行操作，其他人不得登机操作，操作人员在操作期间不得擅自离岗。
三轴桩机进入施工现场的员工必须正规佩戴安全帽，禁止穿拖鞋或者光脚，在进行高空作业时2m以上（包括2m）必须系安全带，进行钢筋焊接时应遵守电焊作业安全操作规程，遇大风大雾天气应停止作业，当风速超过七级或有强台风警报时，应将桩机顺风向停置，并加设揽风绳，必要时将桩机放倒地面，桩机周围5米内应无高压线。与现场输出线路间的距离也应符合有关安全规定。
三轴桩机钻孔过程中，必须设有专人，按规定指标保持孔内水位的高度及泥浆的稠度，以防塌孔，钻孔使用的泥浆应设置泥浆循环净化系统，防止对环境的污染。