目的蛋白带负电荷，和除苯树脂发生离子交换，目的蛋白被挂在柱上，杂蛋白穿透，在洗脱，这样目的蛋白就得到了分离，其实主要利用的是蛋白的两1性点解，缓冲液的ph与等电点的关系
除苯树脂交换器 又叫阴床,作用是用阴树脂中的氢氧根交换掉水中的其他阴离子.离子交换器分为：钠离子交换器、阴阳床、混合床等种类,.离子交换柱(器)外壳一般采用硬聚(PVC)、硬聚复合玻璃钢(PVC-FRP)、有机玻璃(PMMA)、有机玻璃复合透明玻璃钢(PMMA-FRP)、钢衬胶(JR)、不锈钢衬胶等材质.
糖液脱色常使用强碱性阴离子树脂，它对拟黑色素(还原糖与氨基酸反应产物)和还原糖的碱性分解产物的吸附较强，而对焦糖色素的吸附较弱。这被认为是由于前两者通常带负电，而焦糖的电荷很弱。通常，交联度高的除苯树脂对离子的选择性较强，大孔结构树脂的选择性小于凝胶型树脂。这种选择性在稀溶液中较大，在浓溶液中较小。