水族馆设计过程中要注意造景和水池内管路布置。在各水池的建设工程完成后，要进行水池的防水工作，在造景的同时充分考虑到池内水管的布置以期达到好的流速、流向并减少死角等不利因素。
在水族馆设计过程中要注意培养水及系统调整。全部整体工程完工后，整个循环系统需在无鱼条件下进行为期一个月的运转测试。需经测试证明，确认系统运转的各项指标达到设计标准的要求后，方可进行正式养殖。
水族馆设计的过程中要留意水泵的安装。水泵开箱检验应注意检查泵浦是否是完好及机组紧固件有无松动现象，泵体流道有无异物阻塞，以免水泵运行时损坏叶轮和泵体。水泵安装时必须注意支撑台的水平，使用水平仪准确校准。