随着我国市场的逐渐规范，自2002年7月开始，原国家质检总局首先在对小麦粉、大米、食用植物油、酱油、食醋这五类产品正式实施“QS“市场准入制度，食品生产许可证随后产品的覆盖范围逐渐增加。2005年9月1日原国家质检总局颁布了《食品生产加工企业质量安全监督管理实施细则（试行）》，决定2006年底前启动28大类525种食品中剩余的155种食品的市场准入工作。食品生产许可证是一种食品质量安全市场准入标志，没有该标志的产品也意味着不能上市销售。
食品生产许可证摆放强调正本食品生产者需在生产场所的显着位置悬挂或摆放食品生产许可证正本，以往并无“正本”要求。（第31条）
新修订的“食品生产许可证品种明细表“的变动并不大，影响深的当属特殊食品。；特殊医学用途婴儿配方食品中增加了婴儿营养补充剂；特殊膳食食品中新增了运动营养补充品及孕妇及乳母营养补充食品。