审计业务档案整理的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。
如何进行审计业务档案整理呢：1、首先，准备整理档案的工具和材料，工具如图，材料主要有履历材料、教育培训情况、工作经历材料、奖惩材料。 2、审核要入档的材料，并按如下流程整理材料。 3、第三步，将要入档的材料规整好，编上页码，然后靠右打孔。 4、第四步，装入档案盒。将要入档的材料用分类角分类，并按照不同的类别规整转入档案盒。 5、第五步，为档案材料建立目录。目录可分大类和小类，并写好每份材料的页码。 6、档案要定期增加材料。如每年的绩效考核记录、奖惩记录、教育培训情况等等。 7、档案要存入独立且安全性好的房间，并委派专人管理。
审计业务档案整理的具体步骤分为七步：一步是收集，整理人需要将所有文件收集起来。第二步是筛选，整理人需要将收集的文件按照章程进行一定的筛选。第三步是划分文件的类别和级别，第四步是确定文件的保管期限，第五步是修缮文件的内容，整理人需要根据章程修缮文件缺失的内容。第六步是给文件编号，第七步则是将文件装盒并且编制检索的目录。