企业与档案管理系统机构合作的模式主要包括以下几种:1、档企合作:档案管理机构与企业双方为了实现档案的价值及企业转型升级和产品开发而相互配合的一种联合行动模式。2、协作式档案管理:结合统一的领导与分散的管理,由多个部门共同协调负责档案管理,实现资源共享。3、系统外部链接:通过档案管理系统的外部链接功能,将企业内部、外部的人员纳入到同一个协作体系中,实现不同人员之间的敏捷交流。这些合作模式各具特点,企业可根据自身需求选择适合的模式进行合作。