如果食品生产许可证申请被驳回,企业应首先了解驳回原因,对照《中华人民共和国食品安全法》及其实施条例等相关法律法规进行整改。整改完成后,重新准备申请材料并确保其真实有效,然后按照流程重新提交申请。在等待审批期间,企业需保持与审核部门的沟通,积极配合可能的现场核查,并及时响应任何补充材料或整改要求。