在选择用于固体饮料代加工的益生菌菌株时，需综合考虑其加工适应性、合规性与功能性，以下是关键的筛选标准：
1.的加工与储存稳定性：优选能耐受高温、抗剪切力的耐加工菌株（如某些芽孢属菌株），或经过微包埋等技术处理的菌株，确保在混合、制粒及常温储存期间保持高活菌数。
2.明确的健康功效与耐胃肠性：菌株需具备充分的科学研究背书，证明其在改善肠道健康、调节等方面的特定功能。同时，必须能耐受胃酸和胆汁盐，确保有足够数量的活菌抵达肠道定殖。
3.法规合规性与良好风味：必须选择列入国家《可用于食品的名单》的菌株，确保原料合法。此外，菌株本身应异味小、风味中性，易于通过配方调味进行修饰，避免给终产品带来不良风味。