一、色谱系统（LC）参数
1.色谱柱类型
-反相柱（C18）：适合脂溶性代谢物（脂质、甾体等），选1.7-2.1μm粒径，柱长50-150mm。
-亲水柱（HILIC）：覆盖极性代谢物（氨基酸、糖类），需搭配高乙腈流动相。
*建议：双平台（RP+HILIC）可提升代谢物覆盖率。*
2.梯度与流速
-梯度时长：非靶向研究建议15-25分钟（平衡分离与通量）。
-流速：0.2-0.4mL/min（超高效液相兼容2.1mm内径柱）。
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二、质谱系统（MS）参数
1.仪器类型
-非靶向代谢组学：高分辨率质谱（HRMS）必备，如Q-TOF（分辨率>35,000FWHM）或Orbitrap（分辨率>60,000@m/z200）。
-靶向定量：三重四极杆（QQQ），要求MRM模式，扫描速度≥500transitions/sec。
2.离子源与极性
-电离模式：ESI源（电喷雾）适用多数代谢物；APCI源适合低极性化合物。
-正/负离子模式：必须双模式采集（覆盖>90%代谢物）。
3.质量精度与动态范围
-质量精度：<3ppm（HRMS）确保数据库匹配可靠性。
-动态范围：≥5个数量级（定量线性关键）。
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三、数据采集策略
1.扫描模式
-DDA（数据依赖采集）：自动触发二级谱，适合未知物鉴定。
-DIA（数据独立采集）：如SWATH，无偏采集全碎片，适合大规模队列研究。
2.分辨率与速度平衡
-HRMS全扫描分辨率≥30,000，同时保证≥10Hz扫描速率（避免峰变形）。
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四、关键辅助参数
1.样本前处理兼容性
-确保方法匹配样本类型（血浆需除蛋白，组织需匀浆）。
2.质控（QC）标准
-插入混合QC样本，监控RSD<15%（非靶向）或<10%（靶向）。
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核心建议组合
-非靶向发现研究：
UHPLC-Q-TOF（如SCIEX6600+）
参数：HILIC/RP双柱+ESI±+DDA/DIA+60,000分辨率
-靶向定量验证：
UHPLC-QQQ（如Agilent6495）
参数：C18柱+MRM模式+同位素内标
>注：最终方案需匹配科学目标——广覆盖选HRMS+DIA，高灵敏定量选QQQ，复杂样本建议双平台交叉验证。务必要求服务商提供完整QC报告及原始数据格式（如.mzML）。平台稳定性（柱效、信号漂移）比单一参数更重要。