选择冷库制冷机组是采用风冷还是水冷，需要根据项目的具体情况、投资预算、运行成本、场地条件等因素进行综合权衡。两者各有优缺点，没有的好坏之分：
风冷机组：安装简便，节省空间，无需冷却塔、水泵房、冷却水管路系统，安装相对简单快捷，占地面积小。
初期投资较低，省去了冷却水系统的购置和安装费用，通常初期总投资比水冷系统低。维护相对简单，主要维护工作是定期清洁冷凝器翅片上的灰尘和杂物，维护工作量和水系统相比要少，对维护人员技术要求相对较低。
缺点是能效相对较低，空气的比热容远小于水，且环境空气温度波动大（特别是夏季高温时），导致冷凝温度较高，机组运行效率（COP）通常低于同工况下的水冷机组，尤其在高温季节更明显，长期运行电费较高。运行噪音较大要关注噪音控制和安装位置。
在夏季高温或通风不良时，散热效率显著下降，可能导致机组高压保护停机或制冷量衰减。
冷凝器易脏堵：暴露在空气中，灰尘、柳絮、落叶等容易堵塞冷凝器翅片，影响散热效果，需频繁清洁。
水冷机组：
优点能效高，运行费用低：水的比热容大，冷却效果好且稳定。冷凝温度可以维持在较低且相对恒定的水平（通常比环境湿球温度高几度即可），因此机组的运行效率（COP）远高于风冷机组，尤其在炎热季节优势更明显，长期运行可节省大量电费。
运行噪音低，性能稳定，受环境气温波动影响较小，即使在高温天气下，只要保证冷却水系统正常运行，制冷性能衰减较小。相同制冷量下，水冷主机通常比风冷主机体积更小。
缺点：系统复杂，初期投资高：需要额外配置冷却塔、冷却水泵、水处理设备、管道阀门、控制系统等，系统复杂，安装工程量大，初期投资成本显著高于风冷系统。需要布置冷却塔（需要良好通风和空间）、水泵房（或空间）以及铺设冷却水管道，占用场地面积大。
必须进行严格的水处理（软化、缓蚀、阻垢、杀菌灭藻），否则易导致冷凝器结垢、腐蚀，严重影响效率和寿命，增加维护成本。需要定期维护冷却塔、水泵、阀门、管道，清洗冷凝器水侧污垢，监测和调整水质，维护工作量大、技术要求高、成本也高。
在寒冷地区，冷却水系统（尤其是室外部分）存在冻结风险，需要采取防冻措施（如添加防冻液、电伴热、排空或循环运行），增加复杂性和成本。