有机生物肥料对农作物提供均衡营养物质，能够改善泥土的结构及提供足够水费，氧气和营养，而营养土又称腐殖土，是由有机固体物质，经常微生物发酵腐熟而成的，质轻疏松，透水性能好、多孔隙、富含有机质，调节土壤中的水分，氧气，温度，营养。达到养土养根的效果。同时还可以改良土壤机构有机肥和营养土还可配合使用。。
有机生物肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活，而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。
生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。