有机生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。因此，应选择阴天或晴天的傍晚施用，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。。
有机生物肥料因地制宜推广应用不同的微生物菌肥料，如根瘤菌肥料应在豆科作物上广泛施用，解磷、解钾类微生物肥料应施用于养分潜力较高的土壤。。
生物有机肥设备生产的生物有机肥料，选用质量合格的微生物肥料，质量低下、有效活菌数达不到规定指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用，在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施，土壤过分干燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤的通透性。。