涡轮分子泵具有提供超清洁、无碳氢化合物的真空环境的能力，故常被用户选用。然而，用户也偶尔会发现涡轮分子泵提供不了不含碳氢化合物的真空环境。经调查发现碳氢化合物的来源，50%是操作失误所带来的问题，如涡轮分子泵的前级泵为油封式旋片泵时，没有控制返流的安全阀，不合理的放气程序都会引起油蒸汽的返流，不合要求的安全阀也会引起油污染。
使用涡轮分子泵时，通常可不用粗抽管道。如在快速循环的系统中，不设粗抽管道，可以选用那些耐大气冲击的涡轮分子泵。能直接从大气压力下对真空室进行抽真空。
上述讨论是涡轮分子泵选用有油的前级泵工作时应注意的事项。在当前研制成功的不同型的干式前级泵可作为涡轮分子泵的前级泵时就解决了有油系统的返流问题，实现清洁的真空获得，如能选用当前出现的那种从大气压一直抽到高真空的新型分子泵工作就更好了。