发酵一般采用好氧发酵技术，利用微生物的代谢活动来分解物料中的有机物质，使物料达到稳定和无害化。固体有机废弃物中有机物组分很复杂，其中，粗脂肪和碳水化合物易降解，纤维素和半纤维素次之，木质素则难降解。为了加强发酵能力，就需要引入一些能加强分解纤维素和半纤维素的微生物，如木霉属微生物等。
猪粪有机肥料不仅可提供作物生长所需要的各类营养物质，而且能改善土壤的结构、增强土壤保水保肥能力。猪粪中有机质分解后产生腐植酸、维生素、***和各种酶，改善了作物根系的营养环境，促进了作物根系及地上部分的生长发育，提高了作物对养分的吸收能力。猪粪中有机质分解所产生的有机酸还可提高土壤中微量元素的有效性。
猪粪预处理技术：一是在新鲜猪粪中添加占发酵猪粪总量10%-15%无害的木屑或粗米糠等辅料,也可以试掺鸡粪,以起到调节水分、通气和碳氮比作用,使猪粪的含水量控制在60%左右.碳氮比在30~40之间.二是添加占发酵物料总量5%的过磷酸钙,调节猪粪pH在7.5左右.