发酵一般采用好氧发酵技术，利用微生物的代谢活动来分解物料中的有机物质，使物料达到稳定和无害化。固体有机废弃物中有机物组分很复杂，其中，粗脂肪和碳水化合物易降解，纤维素和半纤维素次之，木质素则难降解。为了加强发酵能力，就需要引入一些能加强分解纤维素和半纤维素的微生物，如木霉属微生物等。
看看原材料:由城市污泥和厨房垃圾制成的有机肥料有机物含量低，含油量高，重金属含量高，不应该使用。同时，******建议生物有机肥中添加的微生物不应超过3种。 看看分解:在畜禽粪便堆肥的早期升温阶段，高温发酵可以***粪便中的植物病原菌、虫卵和杂草。在后期冷却阶段，微生物将腐殖质有机物。粪肥堆肥持续15-20天，产品只能达到无害标准。***有机肥堆肥的发酵过程需要45-60天。
微生物***是微生物肥料产品的***，生物有机肥也是如此。生物有机肥生产过程中，有两个环节涉及微生物的使用：先要选择适用于原料降解腐熟去臭的微生物，如纤维分解菌、半纤维分解菌、木质素分解菌以及耐高温发酵菌群等，包括丝状真菌、酵母菌、芽孢菌、醋酸菌以及防线菌等。其次是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌、乳酸菌、假单孢菌、芽孢***、***等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。