施肥时，如果直接将有机肥施于行间或作物根部附近，因旱土持水量小，根系周围一时浓度过大，根系接触到肥堆后，会造成作物生理失水，形成反渗透现象，使作物生长不良或出现萎蔫而失水死苗。因此，在生长期施用有机肥，应开沟条施或穴施，施后覆土，切不可撒于地面。
温室、塑料大棚等保护地栽培中，多种植一些蔬菜、花卉和特种作物，这些作物经济效益相对较高，为了获得好的经济收入，应充分满足作物生长所需的各种条件，常使用无土栽培。用有机肥料的使用代替定期浇营养液，可减少基质栽培浇灌营养液的次数，降低生产成本。
有机肥设备，生产有机肥，不仅是理想的基肥，腐熟好的有机肥料含有大量有机养分，也可作追肥施用。人粪尿有机肥料的养分主要以均衡养分为主，作追肥更适宜。。