终末消毒是指源住院隔离，痊愈或后，对其原居地点进行的消毒，以期将病所遗留的病原微生物消灭。不同的传播机制引起的病，消毒的效果有所不同。肠胃道病，病原体随排泄物或呕吐物排出体外，污染范围较为局限，如能及时正常地进行消毒，切断传播途径，中断传播的效果较好。酸性环境中杀菌力强而迅速，高浓度能芽胞，中用于粪、痰、脓液等的消毒。每升加干粉200克，搅拌均匀，放置1～2小叶，尿每升加干粉5克，放置10分钟即可。

呼吸道病，病原体随呼吸、咳嗽、喷嚏而排出，再通过飞沫和尘埃而播散，污染范围不确切，进行消毒较为困难。须同时采取空间隔离，才能中断。虫媒病则采取杀虫灭鼠等方法。目的：防止病原体播散到社会中，引起流行发生。防止病者再被其他病原体，出现，发生。同时也保护医护人员。漂精的和含有效氯可达60～70%，使用时可按比例减量。

至于其他细菌繁殖体和病毒、螺旋体、支原体、衣原体、立克次体对一般消毒处理耐受力均差。常见消毒方法一般均能取得较好效果。漂应用广。主要成分为次氯酸钙[Ca(ClO)2，含有效25～30%，性质不稳定，可为光、热、潮湿及CO2所分解。仅靠消毒措施还不足以达到以上目的。须同时进行必要的隔离措施和工作中的无菌操作，才能达到控制之效。