在刃脚遇到障碍物的情况下，必须先清除后再下沉。清除方法是人工排除，在不能排水的情况下，由洁水工进行下切割或者水下。下沉通过粘土胶结层或沉井自身重力偏轻下沉困难时，可采用井外高压射水、降低井内水位等方法下沉。在结构受力容许的条件下，亦可采用压重或接高沉井下沉。当下沉到后阶段时，由于沉井井体很大部分进入土中，受土体侧向约束作用，摩阻力增大，沉井将会出现下沉困难，而倾斜的可能性就很小了。

这一阶段应严格控制挖土的程序和深度，注意要均匀挖土，对于结构体大的井体，根据需要，必须安排多个作业面，同时对称均匀挖土。实际上在挖土下沉时不可能是竖直均匀下沉，每沉一次，难免有些倾斜，继续挖土时，可在井体倾斜的反方向一边增大挖土量。在井壁的保护下，用机械和人工在井内挖土，使其在自重作用下沉入土中的一种地下构筑物，它具有结构刚性好、施工简便、、节约投资以及加快施工进度等优点，在基础工程中得到了广泛的应用。

在软粘性土层中，对下沉系数不大的沉井，采取连续挖土，连续下沉，中间停歇时间不要过长。采用射水法即在井壁腔内的不同高度处对称预埋射水管，在井壁外侧留有喇叭口朝上方的射水嘴，遇下沉缓慢或停沉时，用高压水射水以减少井壁与土层之间的摩阻力。引起沉井偏斜的原因，可能是沉井在制作时，就出现歪斜或挖土出现不均匀或地层土质软硬不均匀或井外侧临时堆土不当或沉井底部的一部分遇到障碍物等，都会引起沉井偏斜。沉井倾斜如受地下水方向影响时，先挖背水方面的土，后挖迎水方向的土。沉井挖出的土方好及时外运，即使条件不允许，也应搬运至离井壁四周影响范围之外处，且四周均匀堆放。