合理混养，在养殖过程中可适当放入一些鲤、鲫、鲢鱼，前两种鱼可吃一些鱼塘底部的残饵以及起到疏松底质之作用，后者可滤食掉水体中过多的藻类，通过这两者的结合能让水质更稳定和清爽，从而起到防止蓝、绿藻过多繁殖的作用。如已发生并且较严重时可采用人工的方法来清除一些，其方法是将水华赶到下风口或排水口处，人工捞走或是从排水口放走。

蓝藻漂浮在水体表层，从而使蓝藻较其它藻类具有优先利用光能的优势，而蓝藻一旦在养殖水体中形成优势，会大量漂浮在水体表层，遮光并优先利用阳光，使其它藻类无法利用光能，无法繁殖，后整个养殖水体中只有蓝藻。蓝藻喜高温、静水、强光的环境。在华北地区蓝藻是一种季节性的藻类，春天的时候水温低，光线不强，经常刮风，养殖水体表面是运动，蓝藻在这种条件下无法繁殖，所以在春天的时候蓝藻不会出现。进入夏季，天气晴朗、无风、光线强，此时如果养殖池塘中有蓝藻藻种，就会大量繁殖

在6-9月份，也是鱼类摄食旺盛的季节，饲料投喂过多加上水温较高，残饵和粪便很容易被氧化分解成为藻类的营养物质。尤其在山塘或鱼猪、鱼鸭混养模式的鱼塘，换水不方便，极易富营养化，很难调水。养殖过程中不注意鱼塘的改造和管理，池塘底部淤泥过多，深度常达到750px以上，容易造成水体富营养化。浮游生物 蓝藻会聚集在水体表层吸收大部分阳光，大量繁殖并抑制其它藻类生长。同时，在繁殖过程中，蓝藻会不断地向水体分泌有毒代谢物质，影响浮游生物的种群演替、繁殖周期，还会引起一些浮游动物的大量。