发菌期造成菌丝生长缓慢的原因有：一是菇棚温度过低，如10℃以下。由于多数食用菌菌丝适生长温度在25℃左右，可通过增温来加快发菌速度。二是菌袋内缺氧造成菌丝生长缓慢，如菌袋太大、装料太实、水分偏大均可导致这种现象。可采用刺孔增氧措施加以解决。具体操作为：取一锥形物，如针、牙签甚至钉子等，经灼烧或70%酒精棉球擦拭消毒后，在菌丝生长菌落以内（离菌丝生长圈2-3厘米左右）垂直刺深2厘米左右的孔，每袋刺孔5-10个左右。但注意杂菌污染区不能刺孔，菌丝长不到的地方不能刺孔。含水量多的菌袋可多刺孔。每次刺孔后会造成菌丝快速生长，产生较多的热量，使发菌室内温度升高，因此要加强通风换气，或者经常翻堆，使室内温度不超过30℃，以免烧菌。每次刺孔后往室内空气中喷洒一次消液，并经常灌入新鲜空气，以避免杂菌污染。

山东食用菌发菌架种植菌类在采收补水时：如果山东食用菌发菌架菌袋失重超过25%左右，即应对菌袋及时进行补水，否则，山东食用菌发菌架菌袋严重失水后，料表干燥，难以出菇，偶有现蕾，也无法达到理想的产量。时下的菌袋补水有多种办法，如传统的浸泡补水、喷淋补水、负压补水等，较新的办法主要是“注水器补水法”，曾被推广得沸沸扬扬，现在几乎所有主要菇区的菇农家里大多都有该种“注水工具”，足见力度之大。但就应用效果而言，山东食用菌发菌架养殖食用菌仍以浸泡补水——这个原始的补水方法，截至目前，仍未有效果更佳的补水方法可以替代。

山东食用菌发菌架种植食用菌时选菇与练菇很重要：催蕾后一般2天左右开始现蕾。当菇蕾长到玉米粒大小时要及时割口育蕾。在幼蕾顶起的山东食用菌发菌架上薄膜四周割四分之三，但不揭开，让幼蕾生长自然把薄膜顶开，割开后的菌袋放在山东食用菌发菌架的下层，每袋选生长健壮，排列均匀的幼蕾留5—12朵。割口后当幼蕾1cm时，进行揭膜练蕾，练蕾要时刻注意天气变化，通风由小到大，1—1.5cm以保湿为主，两天后逐步放大，1.5cm以上白天揭，夜盖，2—2.5cm严格控制袋温，控制15℃以下，温度高及时通风，并且湿度以60—65%为宜。首茬气温高,练蕾时间4—5天，以后可练蕾7—12天。

食用菌每季收货完成后，都需要对菇房进行消毒处理。老菇食用菌出菇架。地面、墙缝等处都会隐藏大量的病原菌与杂菌孢子，每当新料进房，温湿度适宜时，这些孢子就会萌发，形成新的侵染源和污染源，对下季菇造成为害。所以要对其进行清理消毒。

暴晒。废料清出后，将菇房***打扫干净，能够拆除的物件全部移出室外，先用清水清洗，然后在阳光下曝晒，或用0.1%溶液浸泡半天后再晒干。清洁后的菇房要打开门窗，充分通风换气和干燥。喷石灰水。通风后，在墙壁、床架立柱和屋顶涂一层石灰浆或石灰水，地面撒一次石灰粉或喷洒石灰水。如果在上一个栽培季节出现严重的病虫害，废料清出前用5%1000倍液喷雾，喷雾量每100米为1.5～2.0克，进行一次灭虫，喷洒密闭72小时后再行清除。废料清出后再行菇架的拆除清洗，然后进行二次灭虫。