TwistDx
自PCR技术诞生以来已经有三十年了。从经典PCR、实时定量PCR再到现在的数字PCR,这一技术在不断蜕变却从未淡出我们的视野。近年来,等温扩增技术的兴起无疑是对PCR的巨大挑战。
等温扩增技术的基因快速诊断方法,涉及生物检测技术领域,具体是用体外生物检测试剂快速检测病原微生物的一种技术。
包括如下步骤:一、对被检样品进行预处理;二、包括目标靶基因数据库的建立;生物信息学的分析比较;基因组多态性的分型处理和简并碱基的运用,获得各种靶基因的特异性引物两对,分别与靶基因中的六个独立区域序列特异性匹配;三、进行等温扩增反应;四、分析判断结果。该方法的优点:不需特殊试剂与设备;高特异性;.灵敏度高;鉴定简便;用途广: 可用于食品、药品、化妆品等领域的质量控制和环境、水质等监测;用于医学临床诊断,用于代谢性疾病和遗传疾病的基因诊断。
RPA技术的基本原理
RPA技术主要依赖于三种酶:能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶、单链DNA结合蛋白(SSB)和链置换DNA聚合酶。这三种酶的混合物在常温下也有活性,反应温度在37°C左右。
重组酶与引物结合形成的蛋白-DNA复合物,能在双链DNA中寻找同源序列。一旦引物定位了同源序列,就会发生链交换反应形成并启动DNA合成,对模板上的目标区域进行指数式扩增。被替换的DNA链与SSB结合,防止进一步替换。在这个体系中,由两个相对的引物起始一个合成事件。整个过程进行得非常快,一般可在十分钟之内获得可检出水平的扩增产物。RPA扩增的基础体系(TwistAmp? Basic)含有DNA扩增所需的所有试剂,我们只要准备好引物和模板就行。扩增结果可以通过凝胶电泳进行终点检测,产物纯化后可用于下游研究。
在这个基础体系中添入不同的酶和探针,就可以实现多样化的RPA应用。举例来说,TwistAmp? exo结合了的exo探针技术和核酸外切酶III,能实现数据的实时读取,就像荧光定量PCR一样。不过反应终点的扩增子总量有所减少,适合获得强荧光信号进行动力学分析,不适合终点检测(比如跑胶)。将exo探针技术、核酸外切酶III和逆转录酶结合起来,可以一步实现RNA模板的实时扩增。
RPA与LAMP对比
LAMP:环介导等温扩增法的特征是针对目标DNA链上的六个区段设计四个不同的引物然后再利用链置换反应在一定温度下进行反应。反应只需要把基因模板、引物、链置换型DNA合成酶、基质等共同置于一定温度下(60~65℃)、经一个步骤即可完成。
RPA:主要依赖于三种酶:能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶、单链DNA结合蛋白(SSB)和链置换DNA聚合酶。
重组酶与引物结合形成的蛋白-DNA复合物,能在双链DNA中寻找同源序列。一旦引物定位了同源序列,就会发生链交换反应形成并启动DNA合成,对模板上的目标区域进行指数式扩增。被替换的DNA链与SSB结合,防止进一步替换。在这个体系中,由两个相对的引物起始一个合成事件。
TwistDx Inc. 由分子生物学家兼蛋白生物化学家 Niall Armes 博士以及 Derek Stemple 博士和 Nagesh Mahanthappa 博士于 1999 年共同创立,其总部位于英国马萨诸塞州剑桥市。TwistDx Limited 于 2002 年成立,其运营设施位于英国剑桥。
我们的愿景:TwistDx 希望将 RPA 分子检验和技术普及到所有可应用领域,使科学家和技术开发人员不再受到高温 DNA 扩增技术的束缚。
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