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层流手术室分为垂直层流式和水平层流式两种。垂直层流式（Supply air ceiling for operating theatre）过滤器装在手术病床的正上方，气流垂直吹送，回风口设在墙面的四角，确保手术台洁净度达标，一般多采用垂直层流式效果较好。正是采用的这种垂直的层流式，在手术室内的顶部还设置了一个吊塔式的负压吸引系统，将医生在手术时呼出的空气吸出塔外，进一步保证手术室的洁净和无菌，降低手术的率。

安全的手术室空气净化系统，保证手术室的无菌环境，可以满足移植、心脏、血管、人工关节置换等手术所需的高度无菌环境。采用低毒消毒剂，以及合理使用，是保障一般手术室无菌环境的有力措施。根据不断讨论与反复斟酌，修订后《综合医院建筑设计规范》中，关于一般手术室的条文终确定为：“一般手术室应采用末端过滤器不低于高中效过滤器的空调系统或全新风通风系统。室内保持正压，换气次数不得低于6次/h”。其它未涉及参数，如温湿度等，可参照Ⅳ级洁净手术室。

按手术有菌或无菌的程度，手术间可划分成以下5类：(1)Ⅰ类手术间：即无菌净化手术间，主要接受颅脑、心脏、脏器移植等手术。(2)Ⅱ类手术间：即无菌手术间，主要接受脾切除手术、闭合性切开复位术、眼内手术、甲状腺切除术等无菌手术。(3)Ⅲ类手术间：既有菌手术间，接受胃、胆囊、肝、阑尾、、肺等部位的手术。