北京笔中展览觉得，博物馆新馆也是建在历史建筑环境中，紧邻苏州古城内国家重点保护单位忠和世界文化遗产拙政园。由于这座博物馆的环境位置，处理好新馆与忠、拙政园的关系将成为整个博物馆设计的关键。华裔美籍建筑师贝聿铭在设计中尊重和维护忠、拙政园以及周边环境历史文化风貌，运用“中而新，苏而新” 、“不高不大不突出”的理念，将现代与传统融合，采用苏州传统建筑的空间和色彩，使新馆与原有忠、拙政园的建筑环境浑然一体，同时以简洁的线条、体块突显现代建筑的个性。

博物馆的空间设计也以飞行轨迹为概念，参观的行程就如同飞机在翱翔，“串联起人与人的动线，形成无数的飞行轨迹。”博物馆大厅二楼悬挂着一架无翼的苏联安27飞机（中国民航代飞机），做为一个名为“世界观”的小型特展，飞机头部分还保留着初始的设备，机身作为展厅，展示***航拍的精彩作品。而馆址外面就是机场停机坪，坐在馆中还能看到飞机滑来滑去。

4.5公尺高的博物馆邻近1945年曾被摧毁的运河Wiadrownia，负责设计的建筑团队将功能性的设计隐藏在简约的建筑线条中，并运用砖红水泥板包覆建筑表面，正面入口处的大片玻璃帷幕则以开放的设计语言迎来参观者。 建筑设计中以三个区域设计隐喻时代的变化，包含代表过去的地下楼层、代表现在的地面广场，以及代表未来的高塔建筑。博物馆由图书馆、讲堂和餐厅组成，23,000平方公尺大的地下空间，更提供人们交流互动。