种子处理是实现花卉的工厂化育苗的关键性技术之一，清选是为清除种子中的夹杂物，如鳞片、果皮、果柄、枝叶、碎片、瘪粒、病粒、土粒、其它种类的种子等，以便于播种的顺利进行。一般少量种子可用手选。种子量比较多时可用风选、筛选和水选。 风选：适用于中小粒种子，利用风、簸箕或簸扬机净种。少量种子可用簸箕扬去杂物。

采用穴盘育苗方式，可以大大提高花卉育苗的发芽率和整齐度，缩短培育时间，提高花卉的商品价格和商品率。尤其对使用小粒种子育苗的盆花和花坛苗来说，无疑是一次很重要的技术进步。美国的戴维·柯瑞恩（Davidkoranski）将穴盘育苗的生育期分为四个阶段。之所以将育苗划分为四个阶段是因为这四个阶段的生长状态与所需要的温度、湿度（相对湿度）、光照、肥料等环境和管理条件各有区别。

一般数量较少，寿命短且价格昂贵，大多数情况下采用聚乙烯铝箔复合薄膜袋，外套一般为纸质种子袋。含芳香油的花卉种子宜装在金属罐、木盒或有色玻璃瓶中贮藏。经过清洗干燥至安全含水量并包装在铝箔袋或金属罐的种子要在干燥、密封、低温的条件下保存。少量的种子可贮于干燥器内。罐装、铝箔袋在封口时还可抽成真空或半真空状态，以减少容器中的氧气量。种子袋外应正确标明种子名称以及采收的年、月、日及使用年限。种子呼吸产生很大热量，适时通风可降温散湿，自然通风为主，机械通风为辅。