就是具有自动清洗程序的全自动生化分析仪也有交叉污染，例如Beckman 全自动生化分析仪CX4，它的试剂针(probe)、样品吸样针及反应搅拌棒是利用高压冲洗洗液冲洗，然后用高压压缩空气吹干，有时由于洗液压力和压缩空气压力偏低，使试剂吸针、样品针及反应搅拌棒冲洗不干净、吹不干，从而导致反应池之间相互污染、试剂间交叉污染，是检验结果偏离。另一个值得注意的问题是许多生化仪器由于长期频繁的利用，使加样针和试剂针的磨损加重或的“特氟龙”吸头不及时更换，使吸样针或试剂针密封层增大，产生泄露现象也是造成样本间及实际间项目污染的一个重要原因。

在全自动生化分析仪使用中，我们发现一个项目会影响紧随其后项目的测试结果，造成这种影响的原因之一是一种实际中含有另一试验的测定物质而直接干扰其测试结果。比如：在TP试剂中含有大量的CUSO4,如果将Cu放在TP项目的后面检测，会使检测结果偏高或重复性差。再如P放在含有磷酸盐的项目后面，TBA放在含有胆酸盐的项目后面都会使检测结果偏高或重复性差。

30年前，我国临床主要采用固定时间测定酶活性，而近20年我国临床生化检测跨越了国外采用分光光度法连续监测酶活性的手工阶段，而一步到位引进自动生化分析仪采用动力学法连续监测酶活性。新方法的采用，使可分析的酶范围扩大，测定准确度和精密度提高，为临床提供更广泛的信息；同时自动化分析促进了酶法对代谢物测定的研究与应用，许多体内的生化反应被模拟，过去采用强碱、强酸、火焰等比较激烈的化学反应被摒弃，代之以温和、快捷、无污染的代谢物酶法测定。