除人工清洗外，船舶还可以通过添加剂逐步清洗HSFO油舱和燃料系统中的沉淀物和沥青质污泥，这种方法相对安全且简单，可以为船舶节省很多时间成本和经济成本。由于清洗油舱所以污水含有色度，所以洗舱污水在处理时就需要用到水处理药剂-脱色剂。指南中重要的一个技术环节就是关于船舶在开始使用含硫量低于0.50%m/m的合规燃油前的燃油舱清洗问题。

提前预订添加剂，并确保计划执行燃油舱清洁的轮机长和轮机员知道如何正确使用添加剂。与租家及时沟通，为聘请***工程队清洗合理安排好船期。一些航运公司在更换使用燃油舱之前会使用化学添加剂进行清洗。实践证明，这是减少清洗油舱非常有效和经济的方式之一。清洗所需时间将取决于油舱的数量和大小，以及上次清洗的时间间隔和人员安排。

冲洗船舱的灰土、船舱垫尘、油污等产生的废水，该类废水属于含油废水或含有一定毒性液体的污水。进入程序必须遵守国际海事组织第A.1050(27)号决议关于《进入船上密闭舱室的建议案》中的安全措施。定期清洗船舶燃油舱安全有效的方法是安排船舶进坞***检查和清洗，短期内安排***所有正在使用HSFO的船舶进船坞清洗燃油舱并不现实。

残留物通常也会凝固并沉淀在燃油系统的各个部分，包括管道、沉淀柜和日用柜。船舶进入船坞进行燃油舱清洗所需要的时间因船而异，但一般来说每个燃油舱清洗的平均耗时为2-4天，再加之对船舶燃油系统管路的冲洗。如果船舶在船坞中仅仅清洗了燃油舱，而没有进行管路冲洗，船舶在接收完合规燃油后仍需要2-5天的时间来冲洗燃油系统管路以达到排放要求。