在无尘净化车间中，可见的污染源总是较为容易控制的。但对于微生物这类肉眼不可见的污染，想要控制就需要严格的管理搭配良好的净化手段才能对其进行一定的控制。在无尘车间工程中，对于含尘量的控制也如普通车间中会有空气交换的选择，但无尘车间工程一般会选择洁净效果更好的洁净空调，而不是风机。从生物洁净技术的角度来说，在无尘净化车间中控制微生物的污染主要有四个原则：

   1.对进入无尘净化车间的空气进行充分地灭菌，例如在净化空调上安装多重***过滤器，安装臭氧发生器等。

   2.对室内的微生物进行迅速而有效地排除，这里的措施主要有对换气次数和回风系统的优化。

   3.不让无尘净化车间内的微生物聚集和繁衍，这主要要靠室内的气流和合格的净化装修模式来实现。

   4.防止进入车间的人员、设备和材料携带，在其进入无尘净化车间之前对其进行充足的净化。