在制造的过程中，要求尽可能地不使用或少使用(或限制使用)化学肥料、化学和其他化学品。这就要求肥料首先要保护和促进被施物的生长和品质的提高；其次不使被施物产生和积聚有害物质；第三不影响生态环境。微生物肥料基本符合以上三原则。近年来，我国已用具有特殊功能的制成多种微生物肥料，不但能缓和或减少农产品污染，而且能够改善农产品的品质。

各种作物苗木在移栽之前，先将生物菌肥加一些细土，再对适量水搅拌成糊状泥浆，移栽时，将作物苗木的根部在泥浆中蘸一蘸。根部粘满生物菌肥泥浆后，再移栽，移栽完之后，将剩余泥浆加水稀释后浇灌在根部，相当于移栽后的浇水，水渗下后覆土。用生物菌肥做追肥时，一般可采用灌根施用的方法。具体做法是将1千克生物菌肥加200-300千克水，配成菌肥溶液。

基肥中，因为有机肥中的养分以磷、钾、氮为主，要与有机肥搭配用化肥少施。磷肥和钾肥可以作底肥一次施入，磷肥因移动性差，后期追施效果很差，所以磷肥应作底肥施入土壤。追施的化肥好用全溶性效肥为主，这样的肥料分解后可被蔬菜迅速吸收，对土壤影响较小。注意施用方法有机肥主要作用是改善土壤，同时也可以提供养分，一般是要在农作物之前把有机肥施入土壤，所以要结合深耕，使有机肥和土壤完全混合在一起，使达到改善土壤的目的，土壤问题严重时要使用带腐殖质有机肥，它可以改善土壤重金属可更好的改善土壤环境，均衡营养，增加土壤团粒结构等。

菌肥价格能对土壤进行消菌吗？菌肥价格并不能起对土壤起到消菌的作用。它只是用我们人为选择的优势微生物群落，来抢占以前的土壤里原有的微生物菌的营养和空间，抑制有害菌群的生长，并不是说完全杀灭了别的细菌。例如土壤中的一些抗生性微生物，它们能够分泌，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防止和减少土壤中的病原微生物对作物的危害。