有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，容易对作物产生毒副作用。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，这样的问题就会减少。

    土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，有害消费者的健康和土壤质量会恶化，但是肥料的投入成本会增加，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。

中国地域辽阔，人口众多，有机肥料资源十分丰富。种类多，数量大，是中国农业生产的重要肥源，但它也是农业、畜牧业生产的副产物。可以说，哪里有农业、畜牧业、哪里就有有机肥源。城市中可以利用的有机生活垃圾，主要来自农产品和畜产品。所以农业、畜牧业越发展，有机肥资源就越丰富。根据各地区调查，使用的有机肥料就有14类100多种。

沼气肥出池后应堆放数日后再用(因沼肥的还原性强，出池后立即使用，会与作物争夺土壤中的氧气，导致作物叶片发黄、凋萎)。

废弃物肥料

以废弃物和生物有机残体为主的肥料。其种类有：生活垃圾；生活污水；屠宰场废弃物；海肥（沿海地区动物、植物性或矿物性物质构成的地方性肥料）。

天然矿物质肥

矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙、天然硫酸钾镁肥等没有经过化学加工的天然物质。

施用有机肥大大提高了土壤的酶活性，有利于提高土壤的吸收性能、缓冲性能和抗逆性能。施用有机肥料增加了土壤中的有机胶体，把土壤颗粒胶结起来，变成稳定的团粒结构，改善了土壤的物理、化学和生物特性，提高了土壤保水、保肥和透气性能。为植物生长创造良好的土壤环境。有机肥在土壤中分解，转化形成各种腐殖酸物质。能促进植物体内的酶活性、物质的合成、运输和积累。