有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，容易对作物产生毒副作用。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，这样的问题就会减少。

    土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，有害消费者的健康和土壤质量会恶化，但是肥料的投入成本会增加，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。

20世纪40年代，美国颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。

1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。

施用有机肥大大提高了土壤的酶活性，有利于提高土壤的吸收性能、缓冲性能和抗逆性能。施用有机肥料增加了土壤中的有机胶体，把土壤颗粒胶结起来，变成稳定的团粒结构，改善了土壤的物理、化学和生物特性，提高了土壤保水、保肥和透气性能。为植物生长创造良好的土壤环境。有机肥在土壤中分解，转化形成各种腐殖酸物质。能促进植物体内的酶活性、物质的合成、运输和积累。

中国化肥生产中氮磷钾比例失调，中国耕地有近3亿亩缺钾，10亿亩缺磷。

施用有机肥料，还可使土壤中的微生物大量繁殖，特别是许多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌、硝化菌等。有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。多施有机肥料，可以提高土壤活性和生物繁殖转化能力，从而提高土壤的吸收性能、缓冲性能和抗逆性能。