（1）成本相对较高：由于全液压钻机多采用车载形式，钻机须实现不同钻进工艺的需求，操作须方便快捷，所以使得设备复杂庞大，而且由于全液压动力头钻机采用液压驱动，钻机的液压元件繁多且对液压元件的质量要求很高，这就使得钻机的成本较普通的转盘钻机高很多；

（2）维修困难：转盘钻机通常以机械传动为主，一般不容易发生机械方面的故障，即使发生故障也很容易检修，而对于全液压钻机，液压系统往往有几百根液压管线和几十个工作阀组构成，在钻机使用中，有时会出现一系列由于液压系统发生故障而导致钻机不能正常工作的问题，则需要在几百根液压管线和几十个工作阀组中寻找问题根源，设备出现问题确诊困难，维修困难；

（3）起下钻效率较低：车装水井钻机桅杆高度有限，起下钻立根较短，起下钻次数变多，与散装钻机钻塔相比较起下钻效率较低，随着孔深的不断增加，立根长度对施工时间的影响逐渐明显。