在罗马时代，农民就发现在种植过豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精的分析。

部分“广义上的有机肥”品种：

堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。

沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成.

厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料.

沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。

绿肥：利用栽培或***的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。

既然有这么多不同原料的有机肥，那么该如何选择呢？有人可能会直接使用未经加工的粪肥或饼肥，因为直观、可见、无参假。粪肥或饼肥直接施入土壤易发酵，产生高温导致烧苗。粪肥中的杂菌和虫卵也会加重作物的病害、虫害。

建议选择粪便或饼肥原料的中档价位的有机肥，其***较高。经过高温发酵腐熟的肥料无恶臭、手感轻、柔软有弹性，存放一段时间后可以看到些菌丝。