1886-1888年德国科学家赫尔里格尔（H.Hellriegal）在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定大气中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克（M.W.Beijerinck）分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些菌的发现，促使了一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤菌接种剂。自此以后，就有诸多的菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。

生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可避免。即使补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育;另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。

有人可能问腐殖酸有机肥怎么不推荐？处于成本原因，一般肥料厂用的是褐煤、风化煤腐殖酸。但天然褐煤中的腐植酸水溶性能极低，而非水溶性腐植酸在亲水胶体性、阳离子交换性、生理活性、络合能力及较强的吸附和粘结能力等方面的基本特性是难以表现的。通过物理和化学的方法活化褐煤中的腐植酸，使水溶性腐植酸含量增加，改性后褐煤制作的腐殖酸肥料的农用价值和使用效果都会极大地提高。腐殖酸经过活化后，***又会降低。