在罗马时代，农民就发现在种植过豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精的分析。

部分“广义上的有机肥”品种：

堆肥：各类桔秆、落叶、青草、动植物残体、人畜粪便为原料，按比例相互混合或与少量泥土混合进行好氧发酵腐熟而成的一种肥料。

沤肥：沤肥所用原料与堆肥基本相同，只是在淹水条件下进行发酵而成.

厩肥：指猪、牛、马、羊、鸡、鸭等畜禽的粪尿与秸秆垫料堆沤制成的肥料.

沼气肥：在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣。

绿肥：利用栽培或***的绿色植物体作肥料。如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等。

比如多维场能浓缩有机肥由畜禽粪有效萃取物、多种元素有机复合物、植物皂苷有机活性剂、磁铁矿粉等成分科学配方混合，干燥，粉碎过筛，再经过频率为10MHz高频电场处理制成。这种有机肥张勇飞和赵冰等***科研人员经过多年反复试验研制成功的一种有机肥。这种有机肥将多维场能原理引进肥料生产，增加了肥料组分的分子场能，它首先体现了高频电场和磁铁矿粉对多种元素复合物的磁化作用，从而提高作物对大量元素和微量元素吸收率；其次也体现了在植物皂苷有机活性剂以水溶状态将具有植物营养作用的肥料元素富集到作物的根系，便于植株的吸收利用；这些都充分体现了有机农业的生产思想。施用多维场能浓缩有机肥不但有效提高植物产量，同时还有效提高作物产品品质。多维场能浓缩有机肥可作作物底肥、追肥和叶面喷施肥 。

生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。

生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥好单独施用。