随着科学技术的不断发展，通过有益菌群的人工筛选、分离、驯化培养技术，将有益菌群接入无害化处理后有机肥中，可以生产出多种多样不同品种的生物有机肥，它能改善土质、减少环境污染、增肥增效等。

有机农业中使用的有机肥需经过有机认证机构的认证，符合有机产品的生产标准。近些年来，我国各种生物肥料发展迅速，年产量达数十万吨以上。

粪便与饼肥原料的有机肥成品密度小、手感轻、颜色浅、细腻程度较差，其中由于饼肥原料成本原因导致价格居高不下。 另外还有腐殖酸原料的有机肥。腐殖酸是一种天然的有机大分子化合物的混合物。目前作肥料的腐殖酸分为褐煤腐殖酸、风化煤腐殖酸、泥炭腐殖酸。因为成本低廉，一般有机肥厂家选用褐煤、风化煤腐殖酸，其有机质含量可以达到80%以上，但是必须经过活化处理，否则其养分的利用率很低。由它们生产的肥料密度大、手感中、颜色深、细腻度好。

有机肥基肥：是全年施肥的主体，必须重视施用，使整个生长期中有良好的供肥状态。

基肥使用时间：可以在秋季，也可在春季。秋施宜早，在9月中旬以前施完，再晚枣根停止生长，吸肥力差，肥力当年不能发挥，经过四五个月的休眠期，氮、磷等肥分损失量很大，肥料利用率不高。春施以发芽前20—30天，接近枣根开始生长活动期为宜，以减少损失，提高肥效。