三磷酸脱氧核苷酸(dNTP)dNTP的质量与浓度和PCR扩增效率有密切关系。在PCR反应中，dNTP应为50-200μmol/L，尤其是注意4种dNTP的浓度要相等(等摩尔配制)，浓度过低又会降低PCR产物的产量。5. 镁离子浓度Mg2+能与dNTP结合，Mg2+对PCR扩增的特异性和产量有显著的影响。在一般的PCR反应中，各种dNTP浓度为20μmol/L时，Mg2+浓度为1.5~2.0mmol/L为宜，Mg2+浓度过高，反应特异性降低，出现非特异扩增：浓度过低，会降低taqDNA聚合酶的活性，使反应产物减少。


PCR，中文译为聚合酶链式反应，其实是一种DNA的快速扩增技术，其扩增效率之高就象核裂变的“链式反应”那样。PCR技术通过两个短的称为引物的DNA小片段和一种耐热的酶的作用，可以在3个小时内把特定的DNA量提高1000万倍。这种技术一问世，立刻引起了分子生物学研究的一场革命，人们利用这种轰动全世界的技术很快就把微观领域的生物学研究大大地往前推了一步。可以这么说，PCR技术使分子生物学研究一下子获得了突破，而且随着PCR技术的日趋完善，PCR在人类社会生活中的应用也越来越广泛。比如说在“DNA指纹”中我们提到，科学家们只需要一根头发甚至一个细胞就可以完成DNA指纹的鉴定工作，这里实际上就要采用PCR技术，因为一个细胞中的DNA含量实在太少了，人们根本不可能检测到它的指纹

升降速率

热力块的升降速率也将影响反应的效率。这是PCR循环各阶段之间温度变化的速度。

与老式仪器相比，现代PCR扩增仪的升温速度往往更快。较新的仪器具有更快的整体循环时间和更快的升降速率，这意味着反应混合物在变性、退火和延伸步骤之间的温度时间更短。

一些现代PCR扩增仪可以通过其软件中的特定算法进行编程，以旧机器的升降速率。如果一个PCR方案是用旧机器开发和优化的，然后转移到较新的仪器上，这就特别有用。

PCR机器还包括计算反应混合物达到编程温度所需时间的算法，即所需的升降速率。为了使其准确，在PCR扩增仪上进行PCR循环编程时，必须包括反应体积。如果使用的反应体积大于所述，那么机器将错误地认为样品在实际达到所需温度之前就已经达到了。