尽管发病的机理尚未清楚，但相关基因发生突变是致癌性转变的根本原因已被广泛接受。癌基因的表达增加和突变，在许多早期就可以出现。实时荧光定量PCR不但能有效地检测到基因的突变，而且可以准确检测癌基因的表达量。目前用此方法进行过端粒酶hTERT基因、慢性粒细胞性WT1基因、ER基因、癌PSM基因、相关的病毒基因等多种基因的表达检测。随着与相关的新基因的不断发现，荧光定量PCR技术将会在的研究中发挥更大的作用。


TaqMan荧光探针：PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团和一个淬灭荧光基团。探针完整时，报告基团发射的荧光信号被淬灭基团吸收；PCR扩增时，Taq酶的5'－3'外切酶活性将探针酶切降解，使报告荧光基团和淬灭荧光基团分离，从而荧光监测系统可接收到荧光信号，即每扩增一条DNA链，就有一个荧光分子形成，实现了荧光信号的累积与PCR产物形成完全同步。而新型TaqMan-MGB探针使该技术既可进行基因定量分析，又可分析基因突变（SNP），有望成为基因诊断和个体化用药分析的技术平台。

灵敏度、准确性等指标

PCR仪的检测灵敏度指能检测到的量。一款好的荧光定量PCR仪是可以达到单拷贝检测灵敏度的。

准确性是指测量结果能够准确反应目标基因的量，并且重复多次实验能够达到一致结果。你可以对比多款PCR仪，选取准确性相对较高的仪器。

温度控制功能

早期PCR仪的温控方式是模块控温，现在普遍应用的是计算控温（也称管式控温）了。一些PCR仪可以实现温度梯度功能，即不同列或不同行之间可以实现不同温度。梯度温度对于基因扩增研究来说是非常有用的功能。