重复循环变性-退火-延伸三过程，就可获得更多的“半保留链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一轮循环需2~4分钟，如此反复进行，每一轮循环所产生的DNA均能成为下一轮循环的模板，每一轮循环都使两条人工合成的引物间的DNA特异区拷贝数扩增1倍，PCR产物以2的指数形式迅速扩增，经过25~30轮循环后(2~3小时)，理论上可使基因扩增109倍以上，实际上一般可达106~107倍。


依据空气流的动力学原理，以冷热气流为介质升降温度。优点：变温迅速，扩增效果好，适合于微量、快速PCR；反应器不受形状限制，管外无需涂液体石蜡；测定管内液体温度作为控温依据，显示温度真实可靠；易于用微电脑设定复杂的变温程序；易于制成重量较轻的便携式仪器，适合外出作业。缺点：以室温为温度下限，低温难控制，对空气流的动力学要求较高，需精心设计才能使各管温度均匀。

灵敏度、准确性等指标

PCR仪的检测灵敏度指能检测到的量。一款好的荧光定量PCR仪是可以达到单拷贝检测灵敏度的。

准确性是指测量结果能够准确反应目标基因的量，并且重复多次实验能够达到一致结果。你可以对比多款PCR仪，选取准确性相对较高的仪器。

温度控制功能

早期PCR仪的温控方式是模块控温，现在普遍应用的是计算控温（也称管式控温）了。一些PCR仪可以实现温度梯度功能，即不同列或不同行之间可以实现不同温度。梯度温度对于基因扩增研究来说是非常有用的功能。