PCR的反应包括三个主要步骤：分别是1. Denaturation 2. Annealing of primers,3. Extension of primers。 所谓 Denaturing乃是将DNA加热变性， 将双股的DNA加热后转为单股DNA以做为的模板. 而Annealing 则是令 Primers于一定的温度下附着于模板DNA两端。 后在DNA聚合酶 e.g. Taq-polymerase 的作用下进行引物的延长 Extension of primers及另一股的合成。

稳定的温度

PCR扩增仪有各种形状和大小，有些比其他的更复杂，然而，它们都执行相同的基本功能，温度循环。

PCR每个阶段的温度对反应的成功至关重要，因此，PCR扩增仪的温度在各孔之间和整个组之间准确和一致是至关重要的，这被称为均匀性。

为了确保每次使用PCR扩增仪时都有一致的结果，定期测试和校准温度块很重要。有经验的实验室科学家可以使用温度验证套件进行测试，但是任何重新校准都需要由合格的工程师来进行。

因此，强烈建议由合格的工程师定期对仪器进行维护和保养。这将保证PCR扩增仪保持在状态，并以状态工作。这些定期维护和校准活动的记录也将被要求用于实验室质量认证，如ISO17025。

软件功能

PCR仪一般都可以通过仪器提供的软件自定义一些参数和程序。温度设置功能、时间增减功能是大多数仪器都具有的基本功能。有些大屏的PCR仪还可以显示温度变化曲线。对于一般的实验来说，基础的软件功能就够用了。功能越多、越智能的仪器，价格也越贵。

价格、维修、售后

与其他仪器一样，参数不同、功能不同、品牌不同的PCR仪价格差别是很大的。采购时需要根据实际需要选择的产品。另外，仪器厂家或代理商的售后服务承诺、维修政策也要考虑在内。