微生物肥料（菌肥）的主要功效是促进植物根系的发育。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道微生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。瓜果蔬菜、柑橘、脐橙、草莓、龙眼、菠萝、柚树、香蕉、枇杷、猕猴桃、荔枝、苹果、梨、葡萄等。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境

中量元素肥料的生产在很长时间里，都不为人们所重视。原因是在一些常用的肥料品种中，特别是低浓度肥料品种中同时含有钙、镁或硫元素，大气中的SO2通过雨水进入土壤，也是硫元素的来源之一。近30多年来，化肥品种结构中高浓度肥料逐步代替了低浓度肥料，使带入土壤中的钙、镁和硫元素减少，一些土壤出现了短缺中量营养元素，特别是短缺硫元素的现象，从而使中量元素肥料的生产和使用得到重视。含钙、镁肥料石灰石粉、白云石粉、熟石灰、贝壳粉和其他含钙、镁的工业废料，广泛用作土壤调理剂和提供钙、镁营养元素。其土壤调理作用是：①改善土壤中磷肥的有效性。在含铁、铝氧化物高的土壤中，由于磷酸盐与铁、铝化合物的反应，磷肥的有效性降低。施用钙、镁调理剂使土壤pH保持在6～7，可以阻缓上述反应进行。②有利于土壤中铵态氮转化为硝态氮的反应，多数硝化菌需要钙素。③促进生物固氮的过程。④调整作物对微量元素的吸收量，土壤pH保持在6～7时，微量营养元素对作物保持一定的有效性。中国习惯使用的有人畜禽粪尿、绿肥、厩肥、堆肥、沤肥和沼气肥等。⑤改良土壤的物理性质，主要是改善土壤的粒度分布

中国农民积制和使用有机肥料有悠久的历史和丰富的经验。在中国农业生产的漫长历史中，一直靠有机肥料改良土壤，培肥地力，生产粮食，养育了我们中华民族的祖祖辈辈，可见有机肥料在当时农业生产中起着极为重要作用。新中国成立以后，中国化肥工业得到发展，化肥使用逐年增加。在50～60年代，有机肥在农业生产中仍起主导地位，肥料施用上仍以有机肥料为主，化肥为辅。1965年，有机肥占肥料投入总量的80.7%。70年代，中国化肥发展很快，从1971～1980年的10年间，产量由299.4万吨(养分)，增加到1232.1万吨。有机肥料的比重下降，占肥料总投入量的66.4%。1987年化肥总产量达1612.2万吨，平均亩施化肥达27.8公斤。化肥在总肥料投入量的比重大大增加，特别是氮素养分比重超过有机肥，但有机肥在磷、钾养分供应上仍占主要地位。（2）增加作物产量和提高农产品品质，氨基酸等物质，不氮、磷、钾等养分外，还含有多种糖类，氨基酸等物质，不仅可为作物提供营养，而且可以促进土壤微生物的活动。