微生物肥料（菌肥）的主要功效是促进植物根系的发育。收获植物及其加工残物也是一类具有较好应用价值的农家肥，其中大豆饼、棉籽饼等饼粕类养分含量比较高，特别是氮都在5%以上。只要我们能知道植物根系的重要性，就能知道微生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。团粒结构的形成能使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境

堆制方法，按原料的不同，分高温堆肥和普通堆肥。高温堆肥以纤维含量较高的植物物质为主要原料，在通气条件下堆制发酵，产生大量热量，堆内温度高（50～60℃），因而腐熟快，堆制快，养分含量高。高温发酵过程中能杀其中的病菌、虫卵和杂草种子。本产品可以改善作物品质，改良土壤物理和化学性状，增加土壤团粒结构，培肥土壤，无素残留，是一种***持久的无公害有机肥料，特别是生产***的肥料。普通堆肥一般掺入较多泥土，发酵温度低，腐熟过程慢，堆制时间长。堆制中使养分化学组成改变，碳氮比值降低，能被植物直接吸收的矿质营养成分增多，并形成腐殖质。

沼气肥作物秸秆、青草和人粪尿等在沼气池中经微生物发酵制取沼气后的残留物。富含有机质和必需的营养元素。沼气发酵慢，有机质消耗较少，氮、磷、钾损失少，氮素回收率达95%、钾在90%以上。减少病虫害，多种有益微生物菌，通过高温发酵，可使作物的病虫害发生率降低。沼气水肥作旱地追肥；渣肥作水田基肥，若作旱地基肥施后应复土。沼气肥出池后应堆放数日后再用(因沼肥的还原性强，出池后立即使用，会与作物争夺土壤中的氧气，导致作物叶片发黄、凋萎)。

单施氮素化肥，或单施低量有机肥，或低量有机肥与氮素化肥配合的处理，土壤中的磷都是亏缺的。前者比后者亏缺更多。只有施用高量有机肥，和高量有机肥与化肥配合的处理，土壤中的磷才有盈余。化肥历来是农作物增产的重要因素，对我国粮食增产的贡献率高达40%。与土壤磷素变化相同，各处理9年平均土壤效钾含量与对照比较，单施氮肥处理几乎与对照没有什么差别，单施低量有机肥和低量有机肥配合施用氮肥的处理，效钾增加6～7毫克/公斤，施用高量有机肥和配合施用氮肥的处理，效钾增加11毫克/公斤。可见施用有机肥对土壤磷、钾素平衡十分重要。中国化肥生产中氮磷钾比例失调，中国耕地有近3亿亩缺钾，10亿亩缺磷。