调节微生物区系，改善土壤微生态系统。腐熟的有机肥中含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有机肥还含有固氮菌、硅酸盐细菌、溶磷菌、光合细菌和假单胞菌等一些有益菌，这些微生物除了具有产生大量活性物质的能力外，还具有固氮、溶磷、解钾的能力，有的还具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生态环境的能力。此外，生物有机肥施入土壤后，能够调节土壤中微生物的区系组成，使土壤中的微生态系统结构发生有益改变。

与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。

与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。

看物料。是否均匀。抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。适合特殊功能菌中生长的“有机肥营养”应是套餐型，由多种有机营养物质组成(如：菜粕、黄豆粉等发酵制成)，在光线下能看到原料的痕迹，或者能闻到原料的特殊气味。看效果。加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，然后拿出来溶化，反复三次，肥料中的菌中将会冻死或大幅度减少；这是用它和将原产品进行比较试验、在相同的田块里观察差异，差异明显好肥料，差异不明显，表明该产品有问题，建议放弃使用。