原位杂交(In Situ Hybridization)也叫原位杂交组化(in situ hybridization histochemistry, ISHH)，是一种固相分子杂交的方法，bai它是用标记的DNA或RNA为探针，在原位检测组织或细胞内特定核酸序列的方法。探针的种类按所带标记物可分为同位素标记探针和非同位素标记探针两大类。常用的同位素标记物有3H、35S、125I和32P，非同位素标记物中目前很常用的有生物素、地高6辛和荧光素三种。探针的种类按核酸性质不同又可分为DNA探针、cDNA探针、RNA探针和合成寡核苷酸探针。

原位杂交术可在原位检测细胞合成某种多肽或蛋白质的基因表达，有很高的敏感性和特异性，已成为细胞生物学、分子生物学研究的重要手段。

间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高6辛，生物素。结合地高6辛抗6体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高6辛标记核酸的历史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的地高6辛抗6体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高6辛抗6体上可耦联碱性磷酸酶、过氧化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的核酸检测结果。但需注意，由于引入了免6疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。

通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同RNA序列的多重检测。

在条件都得到满足的情况下，杂交的成败就取决于保温时间。时间短了，杂交反应不完成；时间长了也无益，会引起非特异结合增多。一般杂交反应要进行20h左右。1966年Britten和Kohne推荐用Cot =值来计算杂交反应时间。Cot 值实际上是杂交液中单链起始浓度（Co）和 反应时间（t）的乘积。实验表明Cot =100时，杂交反应基本完成。Cot=0，基本上没有杂交。例如在液相杂交中未标记的DNA 400μg/ml（按单股DNA每微克 紫外吸收值为0.024计算，总的吸收值为 9.6），如果反应时间为21h，那么对于未标记的DNA来说，Cot =9.6/21 =100.8,，杂交完成了。对标记DN A（浓度为0.1μg/ml）来说Cot值为0.05，这就充分排除了标记DNA的自我复性。Tm值25℃时杂交zui佳，所以首先要根据公式（4）计算杂交体Tm 值。由此式可见，通过调节盐浓度、甲酰胺浓度和杂交温度来控制所需的严格性。