有机肥能很好的改善土壤团粒结构，增加土壤的通透性，使土壤的水、肥、气、热更加协调。对植物的根系健康提供了强有力的保障。生物有机肥又是在发酵腐熟菌、乳酸菌、等这类有机肥施入土壤后，微生物菌能迅速的繁殖和生长，能有效的对土壤中的有害菌进行抑制或分解，能对各类有害菌加以，能对土壤有效的对土壤中的磷、钾溶解和释放，能起到抑病促长，改变根系生长环境的作用。生物有机肥不但对土壤中的磷、钾释放更有效，更是植物生长中土壤病害进行抑制。生物有机肥一般都用于高附加值的种植上，一般用于蔬菜、果树及药材生产种植中。

土壤酸碱性的强弱，常以酸碱度来衡量。土壤之所以有酸碱性，是因为在土壤中存在少量的氢离子和氢氧离子。当氢离子的浓度大于氢氧离子的浓度时，土壤呈酸性；反之呈碱性；两者相等时则为中性。我国土壤pH大多在4.5～8.5范围内，由南向北pH值递增，形成“南酸北碱”的态势。由于我国南北方气候的差异，南方湿润多雨，土壤多呈酸性，北方干旱少雨，土壤多呈碱性。土壤偏(过)酸性或偏(过)碱性，都会不同程度地降低土壤养分的有效性，难以形成良好的土壤结构，严重抑制土壤微生物的活动，影响各种作物生长发育。

团粒结构与土壤有机质含量和施用的有机肥料数量有关，水稳性团粒结构能保证土壤表层的疏松性，利于土壤透水。这种结构的特点是团聚体疏松，非毛管孔隙度大，因而能减低土壤中水分毛管运动的高度和速度，减少土壤表面水分蒸发。团粒性结构较好的土壤颗粒结构半径较其差的土壤颗粒结构半径为大，而毛管水上升运动速度与结构单位的半径成反比。