微波灭菌技术一定频率和波长的微波作用，能将大部分微生物杀灭。通过微波激发预先破碎且润湿的废弃物以产生热量并释放出蒸汽，微波将废物中的水分加热到95℃。从而完成对医疗废物的灭菌。微波处理技术近几年才被加以应用。既可用于医疗废物的现场处理，也可用于废物转移处理。它能大幅度降低废物体积。化学消毒技术化学处理法，在消毒和灭菌方面有着较长的历史和较广泛的应用。它的实质就是将破碎后的医疗废物与一定浓度的消剂(如次、二氧化氯、过氧、、季铵化合物、臭氧等)反应，并保证废物与消毒剂有足够的接触面积和接触时间，在消毒过程中有机物质被分解、菌被杀灭或失活。化学消毒过程适合处理液体医疗废物和病理方面的废物，近也逐步用于那些无法通过加热或润湿进行消毒灭菌的医疗废物的处理。

医疗废物化学消毒处理技术主要适用范围：1、化学消毒处理技术适用于处理《医疗废物分类目录》中的性废物、损伤性废物和病理性废物（和性的动物等除外）。2、医疗废物化学消毒处理技术不适用于处理《医疗废物分类目录》中的性废物和化学性废物。3、不能采用化学消毒处理技术处理的医疗废物，必须采用其他方法进行管理和处置，禁止将没有消毒的医疗废物混入生活垃圾或其他废物中进行填埋。

医疗废物化学消毒处理工程规模的确定和详细技术路线的选择，应根据服务区域医疗废物的产生量和成分特点、社会经济发展水平、危险废物和医疗废物处置设施建设规划和城市总体规划、医疗废物收运体系特点、技术的适用性等合理确定。医疗废物化学消毒工程项目的建设，宜近、远期结合，统筹规划，以近期为主。建设规模、布局和选址应在充分的技术经济论证，环境影响评价和环境风险评价的基础上进行综合比选后确定。