尽管青贮原料在装窖时进行了踩压，但经数天后仍会发生下沉。这主要是受重力的影响，原料间空隙减少及水分流失的原因。为此，在装窖时，青贮原料装满后，秸秆发酵饲料厂家还需再继续装至原料高出窖的边沿50厘米至80厘米， 然后用整块塑料薄膜封盖，再盖1-2层草包片，草席等物，后用泥土压实 泥土厚度约30厘米至40厘米并把表面拍打光滑，窖顶隆起成馒头形状。

终理想的发酵产物是乳酸和形成比例3:1，而丙酸和丁酸的产量应该是可以忽略的。丙酸和丁酸的出现则表明发酵已经是不理想的。过长的有氧发酵过程终会导致持续的产热和有机物含量的降低，这取决于终的发热程度和持续的时间，可能会降低蛋白质的质量，并影响奶牛瘤胃对蛋白的利用效率。

青贮窖如果出现了较大程度的产热则会导致青贮产生颜色深甚至是发黑的情况，秸秆发酵饲料厂家终导致大量的营养物质的损失。如果温度超过130℉（≈54℃）则说明有氧变质发生了。

特异性的酵母菌株是厌氧过程中消耗乳酸的始作俑者。坑洼不平、松散的青贮切面会导致更多的区域暴露在空气中。

控制饲喂切面处于水平的有氧变质：

l 每日只取用需要量的青贮以控制变质——每天6-12英寸（15-30厘米）；

l 在气候炎热、压实不好或者干物质比例高的情况下每日取用更多的青贮；

l 保证青贮取用切面的整洁、平整并且的损伤（青贮取用机械会更好）；

l 取下的青贮恰好满足当日的需要量；

l 避免窖头堆积大量的青贮延长取用的时间；

青贮添加剂例如弱有机酸和微生物添加剂已经证明可以促进青贮的发酵，秸秆发酵饲料厂家并且可以降低青贮再次暴露在空气中发生的严重程度。青贮发酵菌对几乎所有的青贮类型都有益处。类似于牧草和豆科类植物的这类容易发生非理想发酵的作物，使用青贮发酵剂往往会获得效果。