发酵有固态发酵、液态浅盘发酵和深层发酵 3种方法。固态发酵是以薯干粉、淀粉粕以及含淀粉的农副产品为原料，配好培养基后，在常压下蒸煮，冷却至接种温度，接入种曲，装入曲盘，在一定温度和湿度条件下发酵。1923年美国菲泽公司建造了世界上家以黑曲霉浅柠檬酸粉盘发酵法生产柠檬酸的工厂。随后比利时、英国、 德国、苏联等相继研究成功发酵法生产柠檬酸。

发酵有固态发酵、液态浅盘发酵和深层发酵 3种方法。固态发酵是以薯干粉、淀粉粕以及含淀粉的农副产品为原料，配好培养基后，在常压下蒸煮，冷却至接种温度，接入种曲，装入曲盘，在一定温度和湿度条件下发酵。从结构上讲柠檬酸是一种三羧酸类化合物，并因此而与其他羧酸有相似的物理和化学性质。加热至175 ℃时它会分解产生二氧化碳和水，剩余一些白色晶体。

正规的柠檬酸除垢剂中，使用的柠檬酸一般为食品级的一水柠檬酸。柠檬酸为食品添加剂，本身是可以食用的。因此，使用柠檬酸除垢剂时，其中的柠檬酸不会对人造成危害。若误食太多，多喝水调节即可。WHO没有对柠檬酸规定每日限制摄入剂量。只要摄入量不是特别大，一般没有什么问题。大部分除垢剂都是纯净柠檬酸，有的也会添加一些消菌物质，一般都是可以是用的，无需过分担心。